Hyakkimaru est un infirme assez particulier : 48 parties de son corps ont été vendues à autant de démons avant sa naissance. Bébé, il est remis en état par un chirurgien prodigue. Durant son adolescence, il se découvre d’étranges pouvoirs psychiques. Accompagné de Dororo, un voleur espiègle, il arpente le Japon, luttant contre les forces du mal, à la recherche d’un havre de paix...